Vom gerichtsärztlichen Dienst zum Institut für Rechtmedizin 1916 wurde Dr. med. Salomon Schönberg, 1. Assistent des pathologisch-anatomischen Instituts Gerichtsarzt. Damals stand ihm kein eigenes Institut zur Verfügung, er arbeitete unter sehr prekären Umständen in verschiedenen Lokalitäten. 1917 wurden jährlich 339 Untersuchungen durchgeführt, darunter 9 Obduktionen. Ab 1918 konnte der Gerichtsarzt im Hauptamt arbeiten. 1925 wurde im Physikinstitut in zwei Räumen provisorisch ein Gerichtlich-Medizinisches Institut eingerichtet. Die Anzahl der Untersuchungen wurde immer grösser. Mitte des 20. Jahrhunderts wurden jährlich etwa 150 Obduktionen durchgeführt. Daneben nahm aber auch der Umfang der Untersuchungen Lebender sowie der chemisch-toxikologischen Analysen zu. 1949 sollte Prof. Schönberg in Pension gehen. Da kein Nachfolger gefunden werden konnte, wurde seine Pensionierung bis 1953 hinausgeschoben. Dann trat Dr. Jürg Im Obersteg seine Nachfolge an. 1954 wurde das Gesuch für einen Neubau eingereicht. 1958 beschloss eine Kommission des Grossen Rates, ein neues Institut bauen zu lassen. Am 6.12.1960 konnte der Neubau des heutigen Instituts eingeweiht werden. Erster Direktor war Prof. Dr. med. Jürg Im Obersteg; er ist wie auch sein Vater als bedeutender Kunstsammler bekannt geworden. Er blieb im Amt bis Ende 1969. 1970 wurde Prof. Dr. med. M. Lüdin als Gerichtsarzt und Direktor des Instituts ernannt. Von 1984 bis 1991 leitete Prof. Dr. med. Richard Dirnhofer das Institut; er übernahm dann die Direktion des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Bern. Bis zum Stellenantritt des jetzigen Direktors Prof. Dr. med. Volker Dittmann im Jahre 1997 leitete Dr. med. Ottmar Jakob das Institut interimistisch. 1997 erfolgte auch der Wechsel des Instituts vom Polizei- und Militärdepartement zum Sanitätsdepartement (seit 1.7.2005 Gesundheitsdepartement). Im Rahmen dieser Umstrukturierung wurde das von Dr. phil. Thomas Briellmann geleitete Gerichtschemische Laboratorium ins Institut integriert.